La determinación de anticuerpos anti-dsDNA es de utilidad para el diagnóstico y seguimiento clínico de pacientes con lupus eritematoso sistémico (LES) y es uno de los criterios de clasificación del SLICC-2012. El objetivo del estudio fue verificar el desempeño del inmunoensayo quimioluminiscente (CLIA) QUANTA Flash dsDNA y compararlo con el método en uso de inmunofluorescencia indirecta en Crithidia luciliae (CLIFT). Se analizaron con ambos métodos 195 pacientes con diagnóstico de enfermedades del tejido conectivo y solicitud de anticuerpos anti-dsDNA. Se obtuvieron 38 sueros positivos, 133 negativos y 24 (12,3%) discordantes. Entre estos resultados discordantes, hubo 17 que correspondieron a pacientes con LES y se agruparon en 16 CLIA+/CLIFT- y 1 CLIA-/CLIFT+. Se verificó el desempeño para precisión siguiendo el protocolo EP15-A2 y la linealidad. Se estudió la concordancia mediante el coeficiente Kappa y la correlación con el coeficiente Rho de Spearman. Se observó mayor sensibilidad diagnóstica para CLIA. El grado de acuerdo fue moderado y se obtuvo buena correlación entre los valores cuantitativos de CLIA y los títulos de CLIFT. De acuerdo al buen desempeño encontrado y a los resultados discordantes analizados, la mejor estrategia para la implementación de CLIA sería utilizarla en combinación con CLIFT, lo que aumentaría la sensibilidad diagnóstica sin perder especificidad.